Die Betreibergesellschaft des Flughafens Paderborn/Lippstadt wurde 1969 unter dem Namen „Regionalflughafen Südost-Westfalen GmbH" gegründet, zwei Jahre später konnte der Flugbetrieb aufgenommen werden.
Die erste Linienmaschine hob 1975 in Richtung Frankfurt ab, im selben Jahr wurde auch das erste Betriebsgebäude eröffnet.
1984 wird dann eine 1760m lange Start- und Landebahn errichtet, welche vier Jahre später auf 2180m verlängert wurde, zusätzlich entstand zu dieser Zeit die heutige Halle 3.
Bis 1993 war der Bau des neuen Terminal A abgeschlossen, welches gleichzeitig zum Ende anderer Ausbaumaßnahmen eröffnet wurde. Die Start- und Landebahn war bisher nur 30m breit und wurde 1994 um 15 Meter verbreitert, um auch größeren Flugzeugen eine Möglichkeit zu geben, in Paderborn/Lippstadt zu landen.
1998 wurde das Terminal B eröffnet. Bis 2000 wurde die Infrastruktur des Flughafens weiter vervollständigt, unter anderem entstand ein Parkhaus, und die Vorfeldfläche wurde vergrößert. Die Passagierzahlen steigen über 1,3 Millionen.
2004 konnte schließlich eine Wartungshalle für maximal zwei Flugzeuge der Air Berlin in Betrieb genommen werden, Air Berlin ist in Paderborn/Lippstadt stark vertreten.
Für 2006 ist die Eröffnung eines neuen Airport Hotels geplant, zudem soll die Start- und Landebahn erweitert werden.